Troja stała się słynna z powodu wojny trojańskiej, której geniusz Homera nadał wymiar heroiczny, ale która była w gruncie rzeczy najgłupszą wojną w historii ludzkości, ponieważ przez kilka lat 100.000 ludzi zabijało się z powodu urażonej dumy zdradzonego męża tylko dlatego, że sam był królem i miał brata króla. Wartość sporu rzeczowo ocenili Spartanie, wypędzając Helenę z miasta po śmierci Menelaosa.
Geniusz Homera stworzył tak sugestywną wizję, że przyćmiła ona to, co w historii Troi jest rzeczywiście interesujące - historię miasta leżącego na pograniczu wielkich kultur w czasach, gdy kultury te chyliły się ku upadkowi z przyczyn poważniejszych niż mężowskie rogi.
Wyjątkowa lokalizacja, wyjątkowo długie dzieje i dziewięć kolejnych miast wybudowanych na wzgórzu niedaleko ujścia rzeki Skamander spowodowały, że nie wiadomo, czyjej historii jest Troja częścią - Greków, Hetytów, czy może jeszcze jakiegoś innego, nieznanego ludu. Ponieważ w kolejnych warstwach archeolodzy odkrywali w Troi przedmioty i dzieła sztuki należące do różnych kultur, słusznie chyba należy uznać, że sama wprawdzie nie stworzyła własnej kultury, ale była atrakcyjnym targowiskiem na skrzyżowaniu szlaków łączących Azję i Europę i jako takie właśnie międzynarodowe targowisko należy do wszystkich.

KUMTEPE

Troja leży w odległości kilku kilometrów od Dardaneli i została zasiedlona przez mieszkańców leżącego nad samą cieśniną osiedla Kumtepe powstałego w okresie neolitu, ok. 4800 pne (współczesne stanowisko archeologiczne Kumtepe leży ok. 2 km od brzegu cieśniny, która w starożytności była szersza). Mieszkańcy Kumtepe byli ludem zbieracko-łowieckim, a podstawą ich wyżywienia były ryby i owoce morza. Na początku historii osiedla posługiwali się jeszcze narzędziami kamiennymi, dopiero tuż przed jego opuszczeniem w 4500 pne zaczęli używać wyrobów z miedzi. W 3700 pne Kumtepe zostało ponownie zasiedlone przez nowy lud budujący duże domy, uprawiający ziemię, hodujący kozy i owce, znający tkactwo, ceramikę i metalurgię brązu. To właśnie ci mieszkańcy Kumtepe tuż po 3000 pne zajęli wzgórze Hisarlik i zbudowali pierwszą Troję. Niewielkie wprawdzie, ale wyraźnie górujące nad rozległą równiną wzgórze Hisarlik było prawdopodobnie miejscem znacznie łatwiejszym do obrony, umożliwiającym budowę fortyfikacji i dającym czas na przygotowanie do odparcia zbliżającego się wroga od strony północnej wroga.

Próby odnalezienia mitologicznej Troi podejmowano już w XVII wieku, ale dopiero w 1824 roku szkocki archeolog-amator Charles Maclaren wskazał jako prawdopodobną lokalizację wzgórze Hisarlik, a ponieważ było ono częściowo własnością angielskiego archeologa amatora Franka Calverta, podjęto pierwsze próbne wykopaliska, ale nie wzbudziły one zainteresowania fachowców. Dopiero zachęcony przez Calverta niemiecki archeolog Heinrich Schliemann rozpoczął ok. 1870 r. regularne prace i trzy lata później opublikował informację o odnalezieniu starożytnej Troi. Schliemann dokonał fantastycznych odkryć, ale - przy ówczesnym stanie wiedzy - nie był w stanie rzetelnie ich datować (odkryty przez niego tzw. skarb Priama okazał się o tysiąc lat starszy), poza tym koncentrował prace na samym wzgórzu mieszczącym cytadelę, nie badał natomiast otaczającego ją tzw. dolnego miasta. W rezultacie przez wiele dziesięcioleci za Troję w czasów wojny trojańskiej uważano część znacznie starszą, a w datowaniu poszczególnych warstw istniała luka obejmująca ok. 1000 lat.
Dopiero prace prowadzone przez Wilhelma Dorpfelda (1893-4) i Carla Blegena (1932-8) i ich systematyczna analiza umożliwiły uporządkowanie materiału i stworzenie orientacyjnej chronologii dziejów Troi, obejmującej dziewięć kolejnych miast:

TROJA I-V

Pięć najstarszych warstw archeologicznych kryje kolejne osiedla budowane na wzgórzu Hisarlik w okresie 3000-1700 pne, a więc odpowiadającym wczesnym okresom w historii kultur Cyklad, Krety i Hellady. W ciągu pierwszych 750 lat Troja osiągnęła wielkość ok. 10.000 m2 (1 ha) i była czterokrotnie niszczona przez pożary, a ok. 2000 pne Troja IV podwoiła powierzchnię zabudowy.
Ok. 1900 pne niemal wszystkie anatolijskie miasta położone na wschód od Troi zostały zniszczone - prawdopodobnie przez wędrujących na wschód Hetytów lub ludy uciekające przed nimi. Wprawdzie Troja nie została spalona (nie stwierdzono śladów pożarów), ale w kolejnej warstwie stwierdzono zmiany wskazujące na pojawienie się nowych mieszkańców.

TROJA V-VI

Historia Troi V i VI jest bardzo długa (ponad 650 lat) i oprócz śladów dwukrotnego zniszczenia miasta ok. 1700 i ok. 1300 pne przez trzęsienia ziemi nie pozostawiła świadectw jakichś szczególnie dramatycznych wydarzeń. Odbudowane po 1700 pne miasto osiągnęło powierzchnię ok. 50.000 m2 (5 ha), nie licząc otaczających je przedmieść. Przez wielu badaczy za Troję Homera uznawana jest Troja VI, ale dopiero warstwy Troi VII zawierają ślady zniszczeń wojennych i najczęściej to właśnie miasto identyfikowane jest jako Troja opisana w Iliadzie.

TROJA VII

Troja VII to właściwie dwa kolejne miasta należące do późnego okresu imperium hetyckiego i państwa nowohetyckiego, jakie powstało po zniszczeniu imperium ok. 1200 pne. Troja VIIa istniała od trzęsienia ziemi w 1300 pne do ok. 1190 pne. Z tego okresu pochodzą ślady pożarów, szczątki ludzkich szkieletów z wyraźnymi śladami mechanicznych uszkodzeń, oraz brązowe groty strzał, co może świadczyć o toczonych w murach miasta walkach. W 1988 ne rozpoczęto wykopaliska poza murami cytadeli stwierdzając znacznie większy zasięg miasta niż wynikający z wcześniejszych szacunków.
Po zniszczeniach wojennych Troja pozostawała opuszczona przez kilkadziesiąt lat, a miasto odbudowywane przez nowych mieszkańców (Troja VIIb) było dwukrotnie niszczone przez pożary - ok. 1120 pne i ok. 1050 pne. Sto lat później, tj. ok. 950 pne Troja opustoszała na kolejnych 200 lat i dopiero ok. 700 pne kolejni mieszkańcy zbudowali Troję VIII. Jest prawdopodobne, że nowymi mieszkańcami Troi byli Dorowie, twórcy archaicznej kultury greckiej.
W okresie Grecji klasycznej ponownie opuszczona Troja popadła w zapomnienie i dopiero ok. 20 r. pne na jej gruzach powstało miasto rzymskie.

TROJA IX

Za czasów cesarza Augusta w Troi powstało miasto hellenistyczne, stanowiące ważne centrum handlowe aż do czasu przeniesienia stolicy wschodniego cesarstwa do Konstantynopola, kiedy to rozpoczął się stopniowy upadek miasta prowadzący do jego całkowitego opuszczenia i zapomnienia.

Rozgłos, jaki przyniosła Troi Iliada jest zupełnie nieproporcjonalny do ciszy, jaka panuje na temat tego miasta w źródłach historycznych, co wydaje się dziwne ze względu na jego strategiczne położenie. Do dnia dzisiejszego trudno ustalić, kim byli jego kolejni mieszkańcy. Jeśli wojna trojańska rzeczywiście miała miejsce i jeśli miasto zdobyli Achajowie, to Trojańczycy raczej nie byli spokrewnieniu z Achajami (chociaż etniczne pokrewieństwo nie wyklucza krwawych konfliktów). Jeśli zagłada miasta miała miejsce ok. 1200 pne, to na pewno ani Kreta, ani ośrodki cykladzkie nie dysponowały ani siłą ekonomiczną ani wpływami politycznymi powalającymi na prowadzenie wieloletniego oblężenia i zgromadzenie w ósmym roku wojny 1200 okrętów wojennych i ok. 100.000 żołnierzy. Taki potencjał mieli tylko panujący na kontynencie i Peloponezie Achajowie. Jedyną polityczną i militarną siłą, jaka mogła stać za Trojanami było państwo hetyckie, które jeszcze w 1280 pne toczyło z Egiptem bitwę pod Kadesz, ale kilkadziesiąt lat później nawiedziła je klęska głodu, a ataki ludów morskich rozbiły hetyckie imperium.
Mimo to najprawdopodobniejsza wydaje się właśnie hipoteza uznająca Troję za miasto hetyckie, którego imperium obronić już nie mogło, ale które podczas długotrwałych walk wyczerpywało dawniej zgromadzony potencjał. Hetycki rodowód Trojan zamieszkujących miasto oznaczane jako Troja VII potwierdzają wykopaliska, wśród których znajduje się kilka obiektów o jednoznacznie hetyckim pochodzeniu (pieczęcie z hetyckim tekstem), oraz odnalezione, starannie ukryte źródło wody, dokładnie odpowiadające źródłu opisanemu w dokumentach dotyczących hetyckiego miasta Wilusa.
Przynależność do konkretnego kręgu kulturowego to tylko jeden z tematów naukowych sporów. Innym jest rzeczywisty zasięg terytorialny Troi i jej znaczenie w politycznych relacjach epok późnego brązu i wczesnego żelaza. Ten problem nabrał znaczenia dopiero od czasu rozpoczęcia w 1988 r. prac wykopaliskowych poniżej trojańskiej cytadeli, czyli na obszarze tzw. "dolnego miasta". Prace te nabrały rozmachu dopiero z początkiem XXI wieku i daleko do ich zakończenia.
Jednak kwestia znaczenia miasta w okresie jego świetności, zapewne interesująca z punktu widzenia ogólno-historycznego, nie jest zasadnicza dla historii kultury. Pod tym względem znacznie bardziej interesujące jest to, jacy ludzie i jakie kultury obejmowały Troję we władanie.